La Organización Mundial de la Salud no sólo la reconoce como un sistema médico apto, válido y lógico para prevenir sino para curar enfermedades, para aumentar bienestar y calidad de vida en personas sanas o pacientes con: diabetes, sobrepeso, trastornos cardiovasculares, enfermedades autoinmunes, neurológicas, psicosomáticas, osteoarticulares, renales, trastornos estéticos, etc.

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La nutrición ortomolecular tiene muchos beneficios, entre ellos: la depuración profunda del cuerpo, el aumento de la vitalidad en general, la flexibilidad y limpieza de arterias, aumento del sistema inmunológico (defensas), estimulación cerebral (atención, concentración y memoria), contribuye a la prevención de enfermedades y es coadyuvante en tratamientos de enfermedades ya establecidas.